Shin Bible Black nous replonge avec délice dans le monde de Bible Black et sur les traces de la fameuse Lance de Longinus, du nom du soldat romain qui perfora le flanc droit du Christ. De nouveau, des événements surnaturels surviennent. Un mystérieux fantôme ressemblant étrangement à l’ancienne infirmière Reika Kitami fait des apparitions dans les couloirs du lycée et des meurtres horribles sont commis : les corps découverts sont ceux de couples assassinés en plein acte sexuel, les femmes n'ont aucun dommage visible mais les corps des hommes sont complètement carbonisés à l’exception des parties génitales... Saeki Kaori, qui est devenue l’infirmière du lycée, a relancé le Club de Magie avec un nouveau groupe de filles mais est-elle liée à ces meurtres ? Imari Kurumi, devenue medium au sein de l’unité spéciale Tokken de la police, mène l’enquête. Elle a complètement perdu la mémoire sur les événements passés mais cache un terrible secret au sein même de ses entrailles... Takashiro Hiroko, devenue religieuse, réalise que le sceau est rompu… Rika Shiraki, nouveau professeur au lycée, saura-t-elle lui venir en aide ?

Le sceau a été rompu et Kitami qui sommeillait en Imari est maintenant libérée. Elle s'empare avec facilité de la Lance de Longinus cachée dans le coffre de la banque. Mais quel dessein poursuit-elle alors qu'elle se rend au lycée accompagnée d'une vierge ? Pendant ce temps, Kaori prépare une mystérieuse cérémonie... Elle attire un professeur dans l'ancien souterrain sous le lycée où elle retrouve son groupe de filles du Club de Magie pour une baise torride sur l'autel. ..

L'école cache un secret : une porte noire donnant sur un autre monde que seules deux soeurs jumelles, Kasumi et Shizuku, ont le pouvoir d'ouvrir. Les deux soeurs ont un faible pour un étudiant, Narifumi et la tension monte entre elles. Les choses vont devenir hors de contrôle lorsque Shizuku décide de traverser la porte pour obtenir du pouvoir...

Lors d'une baise torride avec des golems, Shizuku obtient du pouvoir. Mais son but est de parvenir à obtenir le pouvoir de Toute-Puissance. La jeune fille Sora serait-elle la réponse ? De leur côté, Narifumi et le groupe de filles trouvent refuge dans leur école, téléportée elle aussi dans ce nouveau monde. Peu à peu, le mystère entourant la Porte va s'éclaircir pour Narifumi mais d'autres surprises l'attendent. La présidente des étudiants, Miharu se lâche et lui avoue ses sentiments tout en lui faisant une bien belle gâterie... Cependant, Shizuku est toujours à l'affût...

Les vacances en camping vont prendre une tournure imprévue pour un groupe d'amis : lors d'une balade en montagne, ils se perdent sur le chemin du retour. Les choses s'aggravent tandis que la nuit se met à tomber et que l'orage gronde. Par chance, ils trouvent refuge dans un manoir qui se dresse sur leur chemin... Mais l'excitation du début va rapidement laisser place à la terreur alors qu'ils disparaissent les uns après les autres pris dans la toile de la veuve noire : érotisme, meurtre et désir vont s'entremêler dans une atmosphère angoissante... Mais il est trop tard pour s'échapper, le piège de la mystérieuse femme en noir s'est refermé sur eux...